(از سری آموزش های بیوفیزیک) محاسبه انرژی آزاد هلمهولتز، گیبس و آنتروپی با روش Steered Molecular Dynamics با نرم افزار لمپس

این آموزش ویدیویی در ادامه آموزش "شبیه سازی ذخیره سازی یک پپتید (یا پروتئین) در نانولوله کربنی با لمپس " است. در این آموزش یک پپتید را که در داخل نانولوله ذخیره شده را بوسیله یک فنر که به مرکز جرم آن وصل کرده ایم در راستای محور نانولوله به سمت بیرون می کشیم(این همان روش SMD هست). کار انجام شده توسط فنر بر روی پپتید به انرژی آزاد (یا همون PMF) حالتی که پپتید خودبخودی ذخیره شده ارتباط دارد. این ارتباط با معادله جارزینسکی jarzynski توضیح داده می شود. انرژی آزاد هلمهولتز را حساب می کنیم و نحوه ...